とある科学の超電磁砲

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総人口230万人の8割が学生の学園都市、そこでは学生全員を対象にした超能力開発実験が行われており、全ての学生はレベル0（無能力者）からレベル5（超能力者）の6段階に分けられ、様々な能力を開花させている。御坂美琴は、学園でも7人しか居ないレベル5能力者の一人であり、電撃を操るその能力から「超電磁砲」の通称を持つ。
本作は、普通ではない能力を持つが、それに振り回されることなく普通の少女である美琴を主人公とした学園都市の日常を描きつつも、学園都市上層部によって密かに行われている非人道的な実験が引き起こした事件に美琴が関わることによって、超能力開発実験の暗部も徐々に明らかになっていく。